Studien, som analyserade autentiska hårprover, avslöjade att den berömde kompositören sannolikt dog av en hepatit B-infektion, och inte av blyförgiftning som tidigare teorier antytt.
Ytterligare genetisk analys visade även en oväntad utomäktenskaplig aktivitet i hans faderliga linje, enligt sciencealert.com.
Trots tidigare misstankar om att blyförgiftning bidrog till Beethovens död, har ny forskning visat att de hårprover som undersökts inte tillhörde Beethoven, utan en okänd kvinna.
Vidare analyser av flera hårlockar, som med större sannolikhet kommer från Beethoven, tyder på att hans död sannolikt orsakades av en hepatit B-infektion. Denna infektion förvärrades av hans alkoholkonsumtion och andra riskfaktorer för leversjukdom.
Forskarteamet, lett av biokemisten Johannes Krause vid Max Planck-institutet för evolutionär antropologi, kunde inte fastställa en definitiv orsak till Beethovens dövhet eller magproblem.
En av de mest sensationella upptäckterna i studien var dock genetisk information som tyder på en utomäktenskaplig faderskapshändelse i Beethovens faderliga linje.
En jämförelse av Y-kromosomen i hårproverna med de från moderna släktingar härstammande från Beethovens faderliga linje visade en olikhet.
Detta antyder att det förekommit sexuell aktivitet utanför äktenskapet mellan befruktningen av Hendrik van Beethoven omkring år 1572 i Kampenhout, Belgien och Beethovens egen födelse sju generationer senare, år 1770, i Bonn, Tyskland.
Denna forskning publicerades tidigare i Current Biology.