Detta rapporterade den ryska militären, enligt The Moscow Times.
Militären uppgav att det berodde på ett "onormalt utsläpp av flygammunition".
Incidenten inträffade på tisdagen runt klockan 09.00 lokal tid i Petropavlovka, som ligger cirka 150 kilometer öster om gränsen till Ukraina.
Inga liv gick förlorade i bombningen av staden, men sex hus skadades.
"En utredning av omständigheterna kring händelsen pågår. En kommission arbetar på plats för att bedöma skadorna och ge hjälp med att reparera husen", rapporterades det.
Enligt guvernör Alexander Gusev i Voronezh-regionen, där Petropavlovka ligger, har flera invånare i byn blivit inhysta.
På tisdagen släppte Ryssland även bomber över flera städer i Ukraina, där totalt fyra personer miste livet, och 92 skadades.
Attacken inträffade mindre än 24 timmar efter att Rysslands president Putin meddelade en ökning av intensiteten i de ryska attackerna.
Det är inte första gången Ryssland bombar en av sina egna städer. I april bombade ett ryskt stridsflyg av misstag Belgorod, som ligger cirka 35 kilometer från gränsen till Ukraina.
Tre personer skadades och flera byggnader förstördes, enligt den lokala guvernören, Vyacheslav Gladkov, som rapporterats av BBC
