Ryssland annekterade Krim 2014 och betraktar det som en del av sitt territorium, även om de flesta länder erkänner det som en del av Ukraina.
Major Charlie Dietz, en talesperson för Pentagon, förtydligade, "Ukraina fattar sina egna beslut om måltavlor och genomför sina egna militäroperationer."
En talesperson för USA:s nationella säkerhetsråd tillade att varje förlust av civila liv är en tragedi, och betonade de många oskyldiga ukrainare som dödats av ryska styrkor sedan kriget började.
Attack på Sevastopol
Ryska tjänstemän rapporterade att minst två barn dödades i söndagens attack på Sevastopol.
En video visade människor som flydde från en närliggande strand, med några av de skadade som transporterades på solstolar.
Ryssland hävdade att vapnen som användes var levererade av USA och dirigerade av amerikanska militära experter som tillhandahöll måldata.
Denna anklagelse markerar en eskalering av konflikten, med Ryssland som kallar USA:s ambassadör Lynne Tracy till sitt utrikesministerium, där det hävdas att Washington för en "hybridkrig" mot Ryssland och effektivt har blivit en deltagare i konflikten.
Under mötet varnade Ryssland ambassadör Tracy att attacken "inte kommer att förbli ostraffad" och lovade vedergällningsåtgärder.
