Detta drag är en del av en större personalomsättning efter Putins nyligen genomförda installation.
Tillsammans med Patrushev utnämnde Putin även guvernören för Tula-regionen, Alexey Dyumin, till samma position.
Dyumin, som är en långvarig allierad och en av Putins tidigare livvakter, förväntas i sin nya roll fortsätta att visa sin lojalitet och de nära banden till presidenten.
Dessa utnämningar är en del av en strategisk omorganisering av Putins inre krets.
Både Patrushev och Dyumin kommer att tjänstgöra tillsammans med andra framstående personligheter, såsom den tidigare utbildningsministern Andrey Fursenko och den tidigare kulturministern Vladimir Medinsky, som båda har återinsatts i sina tidigare roller.
I ytterligare ett betydande drag befordrade Putin sin ekonomiska rådgivare, Maxim Oreshkin, till rollen som biträdande stabschef.
Anton Vaino kommer att fortsätta i sin befintliga roll som stabschef, vilket säkerställer kontinuitet i administrationens högsta ledarskap.
Utnämningen av Patrushev har varit föremål för intensiv spekulation sedan han ersattes som sekreterare för säkerhetsrådet av den tidigare försvarsministern Sergey Shoigu i en överraskande omstrukturering förra söndagen.
Patrushevs nya roll som presidentrådgivare bekräftar att han fortfarande är en nyckelspelare i Putins administration, trots de senaste förändringarna.
