Denna variant, som experter befarar kan utlösa en pandemi, väcker global oro och har en rapporterad dödlighet på cirka 10%.
Mutationen, som fått namnet "klade 1b", har observerats under en tidsperiod då myndigheterna kämpat mot en dödlig variant i regionen.
Efter upptäckten uppmanar experter till omedelbara internationella åtgärder för att förhindra en ny global kris.
"Utan snabba ingripanden kan detta lokala utbrott spridas nationellt och internationellt," varnar en grupp forskare i en rapport och påpekar att liknande utbrott tidigare i Kongo bör tas som en allvarlig varning.
Enligt rapporter från Africa Centres for Disease Control och medier som The Telegraph och The Mirror, tros den nya varianten ursprungligen ha överförts från djur till människor mellan juli och september förra året.
Ungefär 30% av fallen i Kamituga har upptäckts bland sexarbetare. En mindre allvarlig form av mpox ledde till en global epidemi 2022, med 58 rapporterade dödsfall i USA.
Viruset, som oftast resulterar i mild sjukdom med feber och utslag, kan i sällsynta fall orsaka allvarliga komplikationer.
