Tidigare hade domstolen i Braunschweig förklarat sig olämplig att hantera fallet, men detta beslut har nu upphävts.
Åklagarmyndigheten i Braunschweig hade åtalat den 46-årige mannen i oktober 2022 för tre fall av grov våldtäkt och två fall av sexuella övergrepp mot barn.
Domstolen hade tidigare förklarat att den inte var behörig att hantera fallet eftersom den misstänktes sista tyska bostadsort låg utanför dess jurisdiktion.
De påstådda brotten ska ha begåtts mellan slutet av december 2000 och juni 2017 i Portugal, där Madeleine McCann försvann från en lägenhetskomplex i maj 2007. Det skriver dagens.com.
Det högre regionala domstolen i Braunschweig meddelade att den hade felaktigt förklarat sig olämplig och måste nu besluta om att inleda rättegången.
En tidigare upphävd arresteringsorder har också återinförts. Mannen misstänks också för mord i Madeleine-fallet.
Jurisdiktionen i Braunschweig uppstår från det faktum att den anklagade hade sin sista bostadsort i Braunschweig innan han reste utomlands.
