Detta uttalande gjordes under en presskonferens efter ett extra EU-toppmöte på tisdag kväll.
Michel anklagar också Israel för att bryta mot internationell lag genom att införa en blockad mot Gaza, vilket påverkar civilbefolkningen.
På tisdag kväll fick Israel stöd från EU-ledare att försvara sig, men med villkoret att det måste vara i enlighet med internationell lag.
Charles Michel bekräftade att en attack på civil infrastruktur inte är i linje med internationell lag.
Han kritiserade också Israel för en total belägring som skär av grundläggande infrastruktur, tillgång till vatten, elektricitet och inte tillåter leverans av mat, och sa att detta inte är i enlighet med internationell lag.
Ursula von der Leyen, ordförande för Europeiska kommissionen, deltog också i presskonferensen men var inte redo att bedöma om Israel hade brutit mot internationell lag.
Hon sa att hon precis hade informerats om episoden och behövde bekräftelse innan hon gjorde några kommentarer.
Europeiska rådet, som består av stats- och regeringschefer samt Ursula von der Leyen och Charles Michel, klargör inte om Israel har brutit mot internationell lag.
Det enda som sägs är att EU-ledare stöder Israels rätt att försvara sig, så länge det är i enlighet med internationell lag.
