Det rapporterar den lokala nyhetskanalen Fontanka, med hänvisning till källor som är insatta i ärendet.
Myndigheterna har bekräftat att ingen skadades i händelsen.
Drönaren ska ha skjutits ner över Kolpino klockan 4:20 lokal tid och föll ner på området tillhörande företaget "Nevsky Mazut" på Glukhozerskoe Highway vid 4:50.
Nedslaget orsakade en brand i några tankar på platsen, vilken senare släcktes av lokal räddningstjänst.
Sankt Petersburgs guvernör, Alexander Beglov, nämnde att invånare hörde en hög smäll i området kring Glukhozerskoe Highway under natten.
Han gav inte mer detaljerad information men meddelade att en incident i Nevsky-distriktet krävde säkerhetsorganens uppmärksamhet.
Det sägs att detta var första gången S-400 "Triumf"-systemet användes mot en drönare i Sankt Petersburg, utan någon officiell rapport om luftvärnsverksamhet före händelsen.
Utredningsåtgärder genomförs med anledning av händelsen, och stadens administration samarbetar med brottsbekämpande myndigheter.
I USA anses S-400 "Triumf" vara ett av de dödligaste vapnen.
Den tidigare piloten i USA:s flygvapen, John Veneable, har beskrivit det ryska S-400 "Triumf" som ett betydande hot och det ledande luftvärnsmissilsystemet i världen.
Han nämnde också att ett av de få sätten för flygplan som MiG-29 att undkomma sådana luftvärnssystem är att flyga på låga höjder.
I april 2023 noterade den militära analytikern Alexey Sukonkin att "Triumf"-systemen kunde motverka en potentiell svärmattack av obemannade luftfarkoster.
Han sade att alla typer av luftförsvarsmedel, från långdistanssystem som S-400 och S-300 till arbetsfordon som "Buk", "Pantsir", "Tunguska", "Strela-10", "Osa" och "Shilka", är effektiva mot radio-kontrast luftmål, oavsett deras ålder.
