Detta kommer bara timmar efter att Zelensky varnat för att Putin 'är ond' och 'inte går att lita på'.
Zelensky är planerad att tala vid mötet, och även Lavrov, som är en av Vladimir Putins närmaste medarbetare, förväntas göra uttalanden.
Ryssland är en permanent medlem i säkerhetsrådet med vetorätt.
När han tillfrågades om han skulle stanna i rummet för att lyssna på Lavrov, svarade Zelensky: "Jag vet inte hur det kommer att bli, ärligt talat."
I går höll den ukrainska ledaren ett kraftfullt tal inför andra FN-ledare och uppmanade världen att enas mot Putin.
Han varnade för att Ryssland använder taktiker som han menar är mer katastrofala än kärnvapen. Det rapporterar Independent.
Han sa: "Men det är verkligen inte kärnvapnen som är mest skrämmande just nu. Medan kärnvapnen finns kvar, ökar massförstörelsen i styrka."
Senast Zelensky och Lavrov möttes i FN:s säkerhetsråd i september 2022 var det en explosiv händelse.
Lavrov kallade Zelensky för en "skitstövel" och lämnade rummet i vredesmod.
