Med löften om att eliminera ultraprocessad mat och reformera livsmedelsregleringen står han inför en utmaning som kan omforma landets hälsopolitik – men också möta massivt motstånd från livsmedelsindustrin, skriver BBC.
"Vi förgiftar våra barn"
Kennedy har länge kritiserat ingredienser som livsmedelsfärger och processade oljor som används i amerikanska livsmedel, särskilt de som riktar sig till barn.
På ett rally i november, efter att han avslutat sin presidentkampanj som oberoende kandidat och backat Trump, sade han:
– Vi förråder våra barn genom att låta livsmedelsindustrin förgifta dem.
Som chef för DHHS skulle Kennedy även övervaka FDA, myndigheten som ansvarar för att säkerställa säkerheten i livsmedelsförsörjningen.
Han har redan signalerat att han vill omstrukturera myndigheten och eliminera vad han kallar "korrupta system".
Kontroversiell men inte utan stöd
Trots kritik för tidigare hälsopåståenden, som att vacciner orsakar autism, har vissa av Kennedys idéer fått stöd från hälsoexperter och lagstiftare.
Colorado-guvernören Jared Polis beskrev honom som en möjlighet att "göra Amerika hälsosamt igen" – även om han betonade att vetenskap måste förbli grundstenen i nationens hälsopolitik.
Kennedy föreslår bland annat:
Att ta bort livsmedelsfärger som Red No. 3, förbjudna i flera andra länder.
Att eliminera ultraprocessade livsmedel, som kopplats till kroniska sjukdomar.
Att omvärdera fluor i dricksvatten, något han anser är skadligt trots vetenskapligt stöd för dess tandhälsobeskyddande effekter.
Motstånd från Big Food
Att ta itu med den amerikanska livsmedelsindustrin innebär en enorm utmaning. Livsmedelsföretag har historiskt sett haft starkt politiskt inflytande och begränsat tillsyn.
Många av Kennedys förslag, som att begränsa ultraprocessade livsmedel, skulle kräva drastiska policyändringar som FDA inte ensam kan genomföra.
Rosalie Lijinsky, tidigare FDA-tjänsteman, varnar för att Kennedys aggressiva metoder, som att avskeda nutritionsexperter, kan få negativa konsekvenser för matsäkerheten:
– Om du förlorar dina toppexperter får du stora problem.
Är förändring möjlig?
Kennedys fokus på ultraprocessad mat och hälsa är en konversation som många experter anser behövs, även om hans metoder kritiseras.
Genom att arbeta inom befintliga ramar, som att ändra de amerikanska kostriktlinjerna som styr skolmåltider och militärens menyer, kan han potentiellt påverka industrin utan att möta samma motstånd.
– Det är spännande att höra någon argumentera för att göra något åt kroniska sjukdomar, säger näringsexperten Marion Nestle.