Beslutet fattades av MP:s partistyrelse, enligt dess ordförande Marcus Friberg, som meddelade detta i en intern grupp endast tillgänglig för miljöpartister. Det rapporterar SvD.
Partiets pressavdelning har också bekräftat att det rör sig om en extern utredning.
Uppgifter om problem med Stenevis ledarskap började cirkulera i början av oktober, då DN rapporterade om saken.
En källa beskrev det som ett "väldigt känt problem" som är svårt att diskutera öppet. Utredningen kommer att fokusera på Stenevis beteende mot anställda på MP:s riksdagskansli i Stockholm.
Det kommer även att granskas om hon har valt att inte följa de riktlinjer som hennes egen partistyrelse har beslutat om.
Kanslichefen Hanna Bisell framhöll att partiet tar alla rapporter om arbetsmiljöproblem på största allvar och hanterar dem enligt interna rutiner. Hon tillade att personalfrågor inte diskuteras i media.
Trots detta har partiet drabbats av interna stridigheter och det har läckt information till media om bråk inom partiledningen.
Utredningen kommer i en känslig tid, strax innan partikongressen. Märta Stenevi, som är den enda kvinnliga kandidaten, har en annorlunda syn på partiets roll jämfört med valberedningens manliga kandidat, Daniel Helldén, som nu också utmanas av Martin Marmgren, en MP-profil som har varit polis i 15 år.
"Miljöpartiet ska vara en bra arbetsplats. Vi är fast beslutna att ta tag i detta och att finna en lösning," skrev Marcus Friberg, ordförande för MP:s partistyrelse, i den interna MP-gruppen.
